中國棋院成立於1991年10月24日，1992年3月15日正式建院，總部位於北京東城區玉蜓橋東北部，天壇公園東側[2]。

與日本棋院、韓國棋院等民間組織不同，中國棋院具有官方地位（2020年改革後，中國大陸與日韓棋院性質對應的為中國圍棋協會）。中國棋院管理的範圍也並不僅限於圍棋，而是包括所有的棋類、牌類競技項目，尤其是圍棋、中國象棋、西洋棋和橋牌四項競賽。

2018年起，根據中國圍棋協會實體化改革方案，中國圍棋協會脫離原有棋牌運動管理中心的運行模式，從國家行政體制中分離出來，協會的生存、運轉不再依靠國家財政撥款，成為獨立的社會法人。改革後，中國圍棋協會在管理圍棋事務上具有唯一性、獨立性、權威性、統管性，成為中華人民共和國全國範圍內對圍棋行業事務實施統一管理的社會團體[3]。

2020年6月4日，國家體育總局棋牌中心（中國棋院）發布公告，該機構不再參與和舉辦各類趣味項目的賽事活動，亦不作為與各類趣味棋牌項目有關的（包括但不限於）批准單位、主辦單位、支持單位、指導單位、合作單位、備案單位等[4]。2020年8月31日，根據國家發展改革委《關於全面推開行業協會商會與行政機關脫鉤改革的實施意見》（發改體改〔2019〕1063號），原由國家體育總局主管的全部88家體育系統行業協會（包括原與棋牌中心合署辦公的中國國際跳棋協會、中國西洋棋協會、中國圍棋協會、中國象棋協會、中國橋牌協會）與國家體育總局分離，依法直接登記、獨立運行，剝離行政職能，不再設置業務主管單位。取消對行業協會的直接財政撥款，通過政府購買服務等方式支持其發展。全面實行勞動合同制度，依法依章程自主招聘工作人員[5][6]。改革後，棋院與各協會不再具有隸屬關係，各協會將獨立自主開展各項活動。